कैलाश खेर ने 2009 में शीतल नामक महिला से विवाह किया था, जो पेशे से कॉलमिस्ट थीं और सामाजिक मुद्दों पर लेखन करती थीं। शीतल, कैलाश से 11 वर्ष छोटी हैं और दोनों की मुलाकात दोस्तों के माध्यम से हुई थी। शीतल को संगीत में गहरी रुचि थी, जो उनके संबंध को मजबूत करने में सहायक रही। उनका यह विवाह एक 'अरेंज कम लव मैरिज' था ।​
विवाह के एक वर्ष बाद, 2010 में, उनके बेटे कबीर का जन्म हुआ। हालांकि, शादी के दो-तीन साल बाद ही दोनों के बीच मतभेद उत्पन्न हुए, जिसके परिणामस्वरूप वे अलग हो गए। कैलाश खेर ने एक साक्षात्कार में स्वीकार किया कि वे और शीतल अब साथ नहीं रहते, लेकिन उनके बीच सम्मानजनक संबंध बने हुए हैं ।​
वर्तमान स्थिति
कैलाश खेर ने अपने व्यक्तिगत जीवन के बारे में बहुत कम बात की है, लेकिन उन्होंने यह स्पष्ट किया है कि वे अपने बेटे कबीर के साथ समय बिताते हैं और उसे जीवन के मूल्यों की शिक्षा देते हैं। उन्होंने यह भी कहा कि भले ही वे और शीतल साथ नहीं हैं, लेकिन वे अपने-अपने जीवन में संतुष्ट हैं और एक-दूसरे के निर्णयों का सम्मान करते हैं ।​
कैलाश खेर की यह कहानी दर्शाती है कि जीवन में उतार-चढ़ाव आते हैं, लेकिन सम्मान और समझदारी से उन्हें संभाला जा सकता है।